1951年伴随抗美援朝的炮火，南方医科大学的前身中国人民解放军第十一军医中学诞生了。最初的药理学教学是由上海医疗队承担。1954年由华西医学院毕业的刘菊芳老师牵头成立了药学学科；50年代末成立了齐齐哈尔医学院药理学教研室，由刘菊芳老师担任主任，60年代，先后调入了韦德慧，刘桂德，郑有顺和单春文等教授。70年代学校由北至南迁至广州，教学工作逐步转入正轨，药理学教研室也得到一定的发展。1978年国家开始恢复研究生招生，第一军医大学药理学是首批国务院批准的硕士学位招生学科。1984年由韦德慧教授接任主任，改革开放后学校从各高校引进了大批的人才。1989年从第四军医大学调入的李锐松教授担任教研室主任，以后相继由吴曙光，雷林生和徐江平负责教研室工作。1998年第一军医大学药理学科获得历史性的突破，由吴曙光教授牵头申请药理学博士授予点，并获得成功，这是继中山医科大学后广东省的第二个药理学博士点。改革、开放后，学校的教育体系进一步壮大，先后有一大批教师由军队和教育部派赴国外留学进修，或考察访问、校际交流、参加国际学术会议。2004年第一军医大学整体移交到广东省，2005年6月成立南方医科大学药学院，随后在药学院成立药理学系，具体负责南方医科大学各层次的药理学科相关的教学和科研工作。